Ada Joglosemarkerto yang melayani rute Solo, Semarang, Tegal, Kutoarjo, Yogyakarta. Ada juga KA Jayakarta Premium Prupuk Jakarta dan Prupuk Surabaya.
KA Kutojaya Utara dan Sawunggalih melayani Prupuk Jakarta dan Prupuk Kutoarjo.
PT KAI mulai membuka stasiun yang sudah lama tidak disinggahi oleh kereta api. Salah satunya ya Prupuk ini yang sudah lima tahun tidak ada aktivitas bongkar muat penumpang. Dengan adanya daftar kereta api yang berhenti di Stasiun Prupuk diharapkan akan meningkatkan perekonomian warga sekitar.
Kereta Api Yang Berhenti di Stasiun Prupuk
KA Joglosemarkerto relasi Purwokerto - Semarang (06.07 WIB)KA Joglosemarkerto relasi Semarang - Purwokerto (09.28 WIB)
KA Joglosemarkerto relasi Solo - Purwokerto - Semarang - Solo (11.30 WIB)
KA Joglosemarkerto relasi Solo - Semarang - Purwokerto (20.52 WIB)
KA Joglosemarkerto relasi Semarang - Purwokerto (15.00 WIB)
KA Joglosemarkerto relasi Purwokerto - Semarang - Solo (18.21 WIB).
KA Jayakarta Premium relasi Surabaya Gubeng - Purwokerto - Pasarsenen (01.23 WIB)
KA Kutojaya Utara relasi Pasarsenen - Purwokerto - Kutoarjo (09.49 WIB)
KA Sawunggalih relasi Kutoarjo - Purwokerto - Pasarsenen (10.13 WIB)
KA Sawunggalih relasi Pasarsenen - Purwokerto - Kutoarjo (12.13 WIB)
KA Jayakarta Premium relasi Pasarsenen - Purwokerto - Surabaya Gubeng (17.18 WIB)
KA Kutojaya Utara relasi Kutoarjo - Purwokerto - Pasarsenen (20.31 WIB)
KA Sawunggalih relasi Kutoarjo - Purwokerto - Pasarsenen (22.14 WIB) dan
KA Sawunggalih relasi Pasarsenen - Purwokerto - Kutoarjo (22.21 WIB).
Silakan pesan tiket kereta api dari Stasiun Prupuk tujuan Surabaya, Semarang, Solo, Jakarta, Yogyakarta.